L’Estaque fut un ancien hameau isolé de pêcheurs et de fabricants de tuiles. A la fin du XIXème siècle, il devient un important village d’ouvriers d’usines et une station balnéaire très fréquentée par les Marseillais qui viennent notamment en promenade ou déguster une bouillabaisse. Malgré l’industrialisation rapide, l’ambiance reste celle d’un village pittoresque de pêcheurs.

Le nom de l’Estaque est mondialement connu comme source d’inspiration pour Emile Zola, mais aussi les artistes français entre 1870 et 1914. Paul Cézanne, Georges Braque, André Derain, Raoul Dufy, Othon Friesz, Albert Marquet et Auguste Renoir fréquentèrent l’Estaque, et c’est sur les mêmes paysages que s’exerça l’influence du fauvisme et des peintres cubistes.
Après la première guerre mondiale, la pollution industrielle et le développement des transports entrainent le déclin du tourisme à l’Estaque. Les touristes et Marseillais s’orientent vers d’autres destinations plus pittoresques et calmes. De nouvelles industries s’implantent à l’Estaque (chimie, mines, réparation navale). L’Estaque devient un village résidentiel pour les ouvriers des usines et des chantiers alentours ; ouvriers principalement immigrés italiens, espagnols, puis kabyles à partir de 1830. A partir des années 1940, l’économie industrielle s’effondre, crise économique et ravages d’urbanisme sont illustrés dans les films de René Allio , la vieille Dame indignée, ou de  Robert Guédiguian, Marius et Jeannette, Rouge Midi, A l’attaque, Dernier été …

La misère est telle que des bidonvilles apparaissent sur des terrains en friche « mis à disposition » par les usines, peuplés de familles d’ouvriers. Mais les efforts d’aménagement urbain sont dédiés au sud de Marseille.
La volonté politique d’amélioration sociale et urbaine émerge dans les années 70 avec la création de « zones de réhabilitation urbaine », la construction de lotissements sociaux, la création d’une zone urbaine sociale, l’Estaque Saumaty, la transformation de friches industrielles en Zone Franche Urbaine Nord Littoral, à proximité du quartier. Le dernier bidonville disparaît en 2000. Le port de la Lave est aménagé ainsi que les plages des Corbières et la base nautique entre 1988 et 1991 (seules plages des quartiers nord). Des travaux de dépollution d’anciens sites industriels sont lancés. Le Parc Mistral est aménagé en 2008 pour permettre un nouvel accès à la mer aux Estaquéens (mention spéciale du jury des prix de l’aménagement 2009 pour les villes de plus de 50000 habitants).

Aujourd’hui, de nouveaux enjeux sont lancés sur ce site ; en effet, malgré les aménagements déjà commencés, les friches industrielles sont encore nombreuses, le littoral très peu accessible et le quartier n’a pas encore su développer toutes ses capacités et particularités.